TELL-Seq ™ Kit di Universal Sequencing Technology permette la costruzione di library NGS a frammenti di 200Kb sequenziabili con strumenti Illumina. Questa tecnologia, basata sull’enzima trasposasi, ha un protocollo molto semplificato, scalabile, della durata di 3 ore che può essere eseguito in una provetta PCR e richiede una quantità minima di DNA (0,2 ng per batteri e 3 ng per uomo). E’ un’ottima soluzione per studi di Whole Genome sequencing, Whole Genome phasing, de-novo assembly, metagenomica e analisi di varianti strutturali.
Questi kit permettono la preparazione di RNA-Seq library che includono UMI e UDI per l’analisi dell’intero trascrittoma usando piattaforme NGS Illumina. La tecnologia CORALL, consolidata e priva di frammentazione meccanica o enzimatica, viene completata in 6 step (4,5 ore). Può essere applicata a tutti i tipi di campione, inclusi quelli degradati e FFPE, e offre prestazioni eccezionali su campioni a basso input, fino a 1 ng di quantità iniziale prima della selezione dell’mRNA o della ribo-deplezione.
La preparazione delle librerie può essere fatta partendo direttamente dall’RNA totale o da small RNA arricchito. Il protocollo richiede 5 ore e le librerie ottenute non devono essere sottoposte a purificazione su gel. E’ molto sensibile e adatto quindi anche per campioni con basso contenuto di RNA, esosomi e biopsie liquide. Il range di campione necessario va da 100ng a 1.000ng di RNA totale o da 50pg-1.000ng di small RNA arricchito includendo plasma, siero, urine. Può includere il kit TraPR per la purificazione dei soli Small RNA fisiologicamente attivi.
QuantSeq è la soluzione “gold standard” per l’analisi dell’espressione differenziale che permette di contenere i costi di sequenziamento mantenendo inalterata la qualità dei risultati. Grazie a questo approccio è possibile creare un solo frammento al 3’ UTR di ogni messaggero con un protocollo che non necessita di arricchimento del poly (A) o di deplezione dell’rRNA. La procedura si conclude in 4,5 ore, può essere applicata con successo anche a campioni degradati (es. FFPE) e di sangue dove, grazie al Globin Block Module, non vengono generati frammenti dall’ mRNA della globina. Il protocollo è scalabile e automatizzabile e nella versione REV consente di studiare i siti alternativi di poliadenilazione.
I metodi classici di single-cell RNA-Seq si basano sul sequenziamento di migliaia di cellule con una bassa profondità di lettura. Sebbene questo approccio sia sufficiente per identificare i tipi cellulari in base al rilevamento di geni altamente espressi, fornisce un quadro incompleto dei geni espressi e non permette di caratterizzare finemente le sottopopolazioni cellulari. LUTHOR HD, grazie all’amplificazione diretta dell’RNA, consente di eseguire scRNA-Seq ad alta definizione con sensibilità e risoluzione senza precedenti permettendo la cattura e il sequenziamento anche di geni scarsamente espressi e svelando il trascrittoma completo e reale di ogni cellula (in genere il 95% dei geni espressi con una profondità di lettura di 1M). Fornisce i migliori risultati anche con quantità molto basse di campione:1-100 cellule o 10 pg-1 ng di RNA totale, con possibilità di scendere fino a 0,15 pg. Non richiede estrazione di RNA, arricchimento di mRNA o deplezione di RNA. Inoltre l’eliminazione di gDNA riducendo i bias, semplifica l’analisi dei dati e permette un risparmio di costi. Il protocollo richiede 6 ore e può essere applicato su singole cellule eucariotiche, biopsie cellulari o RNA totale purificato
Il protocollo di tagmentazione, cioè la simultanea frammentazione e ligazione degli adattatori per la preparazione di una library di DNA per NGS, è stato perfezionato in un modo mai raggiunto finora da SeqWell. Questo è stato possibile ottimizzando ogni singolo reagente del kit, ma soprattutto ingegnerizzando la Tn5 Trasposasi in una forma brevettata chiamata TnX che garantisce una assoluta affidabilità e specificità di funzionamento. Il protocollo di preparazione di una library è così ridotto a 3 soli passaggi (reaction setup – libraries amplification – pooling and purification) per 100 minuti, arrivando a preparare fino a 96 campioni contemporaneamente e permettendo quindi una processività estremamente elevata.
La genomica 3D fornisce un accesso senza precedenti alla sequenza, alla struttura e al panorama regolatorio di qualsiasi genoma. La tecnica Hi-C (High Throughput Chromatin Conformation Capture) che consente di evidenziare come cambiamenti temporali e spaziali nella cromatina alterano la regolazione genica e le funzioni cellulari, combina il saggio di Proximity Ligation con l’approccio NGS.
Questa tecnica è stata ottimizzata nei kit Arima Hi-C per ottenere un protocollo più flessibile, robusto e veloce che può essere fatto in un solo tubo utilizzando 2 o 4 enzimi di restrizione brevettati e producendo una percentuale di interazione long- range cis molto più alta rispetto all’approccio classico con un costo inferiore. Molteplici sono i campi di applicazione della genomica 3D. Nella ricerca sul cancro, permette la scoperta di varianti strutturali per una comprensione completa dei meccanismi delle malattie, la scoperta di biomarcatori e nuovi approcci terapeutici grazie agli approfondimenti sulla sequenza, struttura e panorama regolatorio dei genomi del cancro.
Capire come le relazioni spaziali nella struttura del genoma influenzino la regolazione genica, lo sviluppo cellulare e i processi patologici supporta invece gli studi di epigenetica, mentre l’assemblaggio di genomi su scala cromosomica aiuta a esplorare l’evoluzione delle specie.
